Η ίδρυση της ανδρώας μοναστικής αδελφότητος Μεταμορφώσεως Σωτήρος στη Σκάλα Ναυπάκτου, έγινε από τον εμπνευστή και πρώτο καθηγούμενο αρχμ. Σπυρίδωνα Λογοθέτη, καταγόμενο από το Κερατσίνι Πειραιά και τους πέντε Ναυπάκτιους συνιδρυτές. Τον μακαριστό Ιερώνυμο Δελημάρη και τους αρχιμανδρίτες Νεκτάριο Γκολιόπουλο, Συμεών Τσιρώνη, Ιγνάτιο Σταυρόπουλο και Ειρηναίο Κουτσογιάννη.

Με έγγραφο αίτημά τους προς τον τότε Μητροπολίτη Ναυπάκτου, μακαριστό Δαμασκηνό Κοτζιά, ενεργοποιήθηκε η διαδικασία της ίδρυσης του πρώτου κοινοβίου της «Ιεράς Μονής Μεταμορφώσεως του Σωτήρος – Ιεραποστολικό Κέντρο».

Το 1977 παραχωρήθηκε στη Σκάλα Ναυπάκτου δημόσια έκταση με υπογραφή του τότε δασάρχη Ναυπάκτου καθώς και του τότε κοινοτάρχη Σκάλας. Στις 6 Αυγούστου του ίδιου έτους πραγματοποιήθηκε η θεμελίωση του μοναστηριού της Μεταμορφώσεως Σωτήρος. Με παρουσία πλήθους χριστιανών να παρακολουθούν τον Αγιασμό αλλά και την τοποθέτηση της ιδρυτικής μαρμάρινης πλάκας, με το σχήμα του Τίμιου Σταυρού, και την αφιέρωση: Εις το όνομα του Σωτήρος ημών Ιησού χριστού. Θεμελιώθηκε 30 Μαΐου 1977.

Το 1980 δημοσιεύθηκε στο φύλλο της Εφημερίδος της Κυβερνήσεως και το σχετικό Προεδρικό Διάταγμα της ίδρυσης του μοναστηριού, επί Αρχιεπισκόπου Αθηνών μακαριστού Σεραφείμ. Έτσι από τη Ναύπακτο έγινε ουσιαστική επανέναρξη της ζωής των κοινοβίων μοναστηριών στη Δυτική Ελλάδα, όπου κάποτε ήκμαζαν κατά το παρελθόν διάφορες Μονές, αλλά που επί δεκαετίες ολόκληρες είχαν πλέον παρακμάσει και σβήσει εντελώς από την ενεργό παρουσία τους στον κοινωνικό και εκκλησιαστικό χώρο.

Σήμερα η Ιερά Μονή λειτουργεί βάσει δημοσιευμένου εσωτερικού κανονισμού, ως αυτοδιοίκητος οργανισμός (Ν.Π.Δ.Δ.) με βάση το θεσμό του μοναστηριακού αυτοδιοίκητου και με όργανα διοίκησης τον ηγούμενο, το ηγουμενοσυμβούλιο και την ολομέλεια της μοναστικής αδελφότητας.