Τα προσκυνήματα της Ιεράς Μονής βρίσκονται σε 5 Ιερούς Ναούς που είναι αφιερωμένοι στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, στον Άγιο Σπυρίδωνα, στον Άγιο Πολύκαρπο, στον Άγιο Θεολόγο και στην Παναγία Ναυπακτιώτισσα. Aντίγραφο της ιεράς εικόνας της Παναγίας Ναυπακτιώτισσας εκτίθεται στη μοναστική αδελφότητα.

Σήμερα ο σύλλογος Αδελφότης Παναγία η Ναυπακτιώτισσα αποτελεί αναβίωση του ιστορικού ομώνυμου Σωματείου Αδελφότητος κληρικών και λαϊκών του 11ου αιώνα μ.Χ. Η αδελφότητα δραστηριοποιούνταν στην περιοχή των Θηβών και με κέντρο τιμής και προσκύνησης την εικόνα της «Υπεραγίας Θεοτόκου της Ναυπακτιώτισσας» που φυλασσόταν στη μονή των Ναυπακτισσών.

Αντίγραφο του καταστατικού του σωματείου παρουσιάζεται σε δίφυλλη πολυτελή περγαμηνή γραμμένο στην ελληνική γλώσσα. Σήμερα φυλάσσεται στο μουσείο του παρεκκλησίου του παλατιού (Capella Palatina) στο Παλέρμο της Σικελίας στην Ιταλία, ενώ στην Αδελφότητα έχει παραχωρηθεί σε ειδική εκδήλωση ένα αντίγραφο.

Στην Περγαμηνή είναι ζωγραφισμένη στο άνω μέρος της, ως προμετωπίδα η εικόνα της Παναγίας Ναυπακτιώτισσας. Η μικρογραφία της Θεοτόκου η οποία παρίσταται όρθια επί μαρμαροθετημένου δαπέδου και φέρει γαλάζιο επενδύτη και πορφυρό χιτώνα. Η Παναγία βρίσκεται σε στάση δεήσεως.

Κατά πάσα πιθανότητα βρέθηκε στο Παλέρμο εξ’ αιτίας της επιδρομής των Νορμανδών στην πόλη των Θηβών το 1147. Σύμφωνα με τη μαρτυρία του καταστατικού, η αδελφότητα ιδρύθηκε το 1048 μ.Χ. Το καταστατικό υπογράφουν 19 κληρικοί και 30 λαϊκοί μεταξύ των οποίων και γυναίκες. Οι σκοποί της αδελφότητας είναι κυρίως πνευματικού χαρακτήρα.

Κάθε μήνα η Παναγία περιφερόταν στα σπίτια των μελών και ετιμάτο με ιερές τελετουργίες. Επίσης, η αδελφότητα αφιέρωνε τις προσευχές της στην υγεία των μελών της και στην εν γένει καλή κατάστασή τους εδώ αλλά και πέραν του τάφου.

Κάθε μήνα η Παναγία περιφερόταν στα σπίτια των μελών και ετιμάτο με ιερές τελετουργίες. Επίσης, η αδελφότητα αφιέρωνε τις προσευχές της στην υγεία των μελών της και στην εν γένει καλή κατάστασή τους εδώ αλλά και πέραν του τάφου.