♯ ΠροσκυνήματαΝαός Παναγίας ΝαυπακτιώτισσαςΝαός Μεταμορφώσεως ΣωτήροςΝαός Αγίου ΣπυρίδωνοςΝαός Αγίου ΠολυκάρπουΝαός Αγίου Θεολόγου
Τα προσκυνήματα της Ιεράς Μονής βρίσκονται σε 5 Ιερούς Ναούς που είναι αφιερωμένοι στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, στον Άγιο Σπυρίδωνα, στον Άγιο Πολύκαρπο, στον Άγιο Θεολόγο και στην Παναγία Ναυπακτιώτισσα. Aντίγραφο της ιεράς εικόνας της Παναγίας Ναυπακτιώτισσας εκτίθεται στη μοναστική αδελφότητα.
Σήμερα ο σύλλογος Αδελφότης Παναγία η Ναυπακτιώτισσα αποτελεί αναβίωση του ιστορικού ομώνυμου Σωματείου Αδελφότητος κληρικών και λαϊκών του 11ου αιώνα μ.Χ. Η αδελφότητα δραστηριοποιούνταν στην περιοχή των Θηβών και με κέντρο τιμής και προσκύνησης την εικόνα της «Υπεραγίας Θεοτόκου της Ναυπακτιώτισσας» που φυλασσόταν στη μονή των Ναυπακτισσών.
Αντίγραφο του καταστατικού του σωματείου παρουσιάζεται σε δίφυλλη πολυτελή περγαμηνή γραμμένο στην ελληνική γλώσσα. Σήμερα φυλάσσεται στο μουσείο του παρεκκλησίου του παλατιού (Capella Palatina) στο Παλέρμο της Σικελίας στην Ιταλία, ενώ στην Αδελφότητα έχει παραχωρηθεί σε ειδική εκδήλωση ένα αντίγραφο.